علیاکبر حکمیزاده کتاب اسرار هزارساله را در شهریور ۱۳۲۲ با ادبیاتی بسیار سخیف در نقد آموزههای دینی شیعه، با کمک کسروی منتشر ساخت. این کتاب جنجال زیادی به پا کرد و جوابیههای مختلفی بر این کتاب نوشته شد و نشریات مختلفی به پاسخگویی به آن کتاب مشغول شدند. مهمترین جوابیه کتاب کشف اسرار نوشته امام خمینی بود که در فروردین ۱۳۲۳ منتشر گردید و به طور مبسوط و مستند به پاسخگویی به شبهات کتاب حکمیزاده و شبهات وهابیت پرداخت و به عنوان پاسخ رسمی حوزه قم به آن شبهات منتشر شد. پاسخهای امام که در آن زمان از مدرسین برجسته و جوان حوزه قم بودند، به قدری قوی و محکم بود که حکمیزاده و کسروی هیچ واکنشی به آن نشان ندادند. حکمیزاده بعد از نوشتن کتاب اسرار هزارساله و جنجالی که در فضای جامعه به پا کرد، برای همیشه منزوی شد و از کارهای فکری کناره گرفت و در خفا به فعالیتهای اقتصادی روی آورد و از کارهای افراطی دوران جوانیاش فاصله گرفت و سالها بدون حاشیه به فعالیتهای اقتصادی پرداخت و تا بعد از پیروزی انقلاب اسلامی هم زنده بود ولی کمتر کسی از سابقه او اطلاع داشت تا اینکه در سال ۱۳۶۶ در تهران درگذشت. از آنجایی که زمینههای ورود امام به حوزه سیاسی در پاسخ به افکار انحرافی حکمیزاده در کتاب کشف اسرار متجلی است بازخوانی زمینههای ظهور این جریان برای فهم بخش مهمی از تاریخ تحولات سیاسی- اجتماعی ایران اهمیت دارد.