روز دوم فروردین ۱۳۴۲ که مصادف با ۲۵ شوال ۱۳۸۲ سالگرد شهادت حضرت امام صادق(ع) بود، مدرسه فیضیه قم مورد حمله و هجوم کماندوهای شاه قرار گرفت. دژخیمان شاه طلاب علوم اسلامی را مورد ضرب و شتم قرار دادند و کشته و زخمی کردند.
امام در پیامی از روی جنایت شاه در فیضیه چنین پرده برداشت:
حملۀ کماندوها و مأمورین انتظامى دولت با لباس مبدل و به معیت و پشتیبانى پاسبانها به مرکز روحانیت، خاطرات مغول را تجدید کرد، با این تفاوت که آنها به مملکت اجنبى حمله کردند، و اینها به ملت مسلمان خود و روحانیون و طلاب بى پناه. در روز وفات امام صادق علیهالسلام با شعار جاوید شاه به مرکز امام صادق و به اولاد جسمانى و روحانى آن بزرگوار، حملۀ ناگهانى کردند و در ظرف یکی دو ساعت، تمام مدرسۀ فیضیه، دانشگاه امام زمان ـصلوات اللّه و سلامه علیه را با وضع فجیعى در محضر قریب بیست هزار مسلمان غارت نمودند و درب هاى تمام حجرات و شیشه ها را شکستند. طلاب از ترس جان، خود را از پشت بام ها به زمین افکندند، دستها و سرها شکسته شد، عمامۀ طلاب و سادات و ذریۀ پیغمبر را جمع نموده آتش زدند، بچه هاى ۱۶ـ۱۷ ساله را از پشت بام پرت کردند، کتابها وقرآن ها را چنانکه گفته شده پاره پاره کردند.
اکنون روحانیون و طلاب در این شهر مذهبى تأمین جانى ندارند، اطراف منازل علما و مراجع، محصور به کارآگاه و گاهى کماندو و مأمورین شهربانى است. مأمورین تهدید مىکنند که سایر مدارس را نیز به صورت فیضیه درمى آوریم، طلاب محترم از ترس مأمورین، لباسهاى روحانیت را تبدیل نموده اند، دستور داده اند که طلاب را به اتوبوس و تاکسى سوار نکنند، در مجامع عمومى، مأمورین درجه دار به روحانیون ـ عموماً و به بعضى افراد به اسم ناسزا مىگویند و فحش هاى بسیار رکیک مىدهند. شبها پاسبان ها ورقه هاى فجیع با امضاى مجعول پخش مىکنند. اینان با شعار «شاه دوستى»، به مقدسات مذهبى اهانت مىکنند. شاهدوستى یعنى غارتگرى، هتک اسلام، تجاوز به حقوق مسلمین و تجاوز به مراکز علم و دانش، شاهدوستى یعنى ضربه زدن به پیکر قرآن و اسلام، سوزاندن نشانه هاى اسلام و محو آثار اسلامیت، شاهدوستى یعنى تجاوز به احکام اسلام و تبدیل احکام قرآن کریم، شاهدوستى یعنى کوبیدن روحانیت و اضمحلال آثار رسالت، حضرات آقایان توجه دارند اصول اسلام در معرض خطر است، قرآن و مذهب در مخاطره است، با این احتمال، تقیه حرام است و اظهار حقایق واجب «ولو بلغ ما بلغ».
