روز دوم فروردین ۱۳۴۲ که مصادف با ۲۵ شوال ۱۳۸۲ سالگرد شهادت حضرت امام صادق(ع) بود، مدرسه فیضیه قم مورد حمله و هجوم کماندوهای شاه قرار گرفت. دژخیمان شاه طلاب علوم اسلامی را مورد ضرب و شتم قرار دادند و کشته و زخمی کردند.
امام در پیامی از روی جنایت شاه در فیضیه چنین پرده برداشت:
حملۀ كماندوها و مأمورين انتظامى دولت با لباس مبدل و به معيت و پشتيبانى پاسبانها به مركز روحانيت، خاطرات مغول را تجديد كرد، با اين تفاوت كه آنها به مملكت اجنبى حمله كردند، و اينها به ملت مسلمان خود و روحانيون و طلاب بى پناه. در روز وفات امام صادق علیهالسلام با شعار جاويد شاه به مركز امام صادق و به اولاد جسمانى و روحانى آن بزرگوار، حملۀ ناگهانى كردند و در ظرف يكی دو ساعت، تمام مدرسۀ فيضيه، دانشگاه امام زمان ـصلوات اللّه و سلامه عليه را با وضع فجيعى در محضر قريب بيست هزار مسلمان غارت نمودند و درب هاى تمام حجرات و شيشه ها را شكستند. طلاب از ترس جان، خود را از پشت بام ها به زمين افكندند، دستها و سرها شكسته شد، عمامۀ طلاب و سادات و ذريۀ پيغمبر را جمع نموده آتش زدند، بچه هاى ۱۶ـ۱۷ ساله را از پشت بام پرت كردند، كتابها وقرآن ها را چنانكه گفته شده پاره پاره كردند.
اكنون روحانيون و طلاب در اين شهر مذهبى تأمين جانى ندارند، اطراف منازل علما و مراجع، محصور به كارآگاه و گاهى كماندو و مأمورين شهربانى است. مأمورين تهديد مىكنند كه ساير مدارس را نيز به صورت فيضيه درمى آوريم، طلاب محترم از ترس مأمورين، لباسهاى روحانيت را تبديل نموده اند، دستور داده اند كه طلاب را به اتوبوس و تاكسى سوار نكنند، در مجامع عمومى، مأمورين درجه دار به روحانيون ـ عموماً و به بعضى افراد به اسم ناسزا مىگويند و فحش هاى بسيار ركيك مىدهند. شبها پاسبان ها ورقه هاى فجيع با امضاى مجعول پخش مىكنند. اينان با شعار «شاه دوستى»، به مقدسات مذهبى اهانت مىكنند. شاهدوستى يعنى غارتگرى، هتك اسلام، تجاوز به حقوق مسلمين و تجاوز به مراكز علم و دانش، شاهدوستى يعنى ضربه زدن به پيكر قرآن و اسلام، سوزاندن نشانه هاى اسلام و محو آثار اسلاميت، شاهدوستى يعنى تجاوز به احكام اسلام و تبديل احكام قرآن كريم، شاهدوستى يعنى كوبيدن روحانيت و اضمحلال آثار رسالت، حضرات آقايان توجه دارند اصول اسلام در معرض خطر است، قرآن و مذهب در مخاطره است، با اين احتمال، تقيه حرام است و اظهار حقايق واجب «ولو بلغ ما بلغ».
