سحرگاه روز یکشنبه اول آبانماه سال ١٣۵۶ قبل از اذان صبح، وقتی مطابق معمول برای آیت الله حاج سید مصطفی خمینی که در آن ساعت همواره به دعا و مناجات مشغول بود یک لیوان آب می‌آورند، صدایی از داخل اتاق به گوش نمی‌رسد. چند دقیقه بعد، اعضای خانواده وی در را باز می کنند و با پیکر بی جان او روبرو می‌شوند. و به این صورت، مردی که امید آینده اسلام بود به عنوان اولین شهید فصل پیروزی انقلاب اسلامی به خاک می‌افتد.
آیت الله سیدمصطفی خمینی، بازوی راست امام خمینی در نهضت اسلامی بود به نحوی که ساواک (سازمان اطلاعات و امنیت نظام شاهنشاهی) او را از عوامل اصلی نهضت اسلامی و تداوم این نهضت به حساب می‌آورد. در دوران تبعید، افراد زیادی از داخل و خارج کشور با ایشان در تماس بودند. شب قبل از واقعه شهادت وی اشخاص مرموز و ناشناسی به ملاقات وی آمده بودند و پیش از آن از سوی نظام شاه به مرگ تهدید شده بود.
یکی از پزشکان بیمارستان کوفه که ساعتی بعد پیکر وی را معاینه کرده بود بلافاصله اعلام کرد که ایشان را مسموم کرده‌اند. این پزشک همان روز از طرف سازمان امنیت عراق بازداشت شد و بعد از ٢۴ ساعت که آزاد گردید از هرگونه اظهار نظر دیگری خودداری کرد.
روزنامه المجاهد (چاپ الجزایر) نوشت: مصطفی خمینی فرزند روح‌الله خمینی (مقام مذهبی مسلمان شیعه ایران) به دست ساواک به قتل رسیده است.
خبرگزاری فرانسه نیز در تاریخ ۶ دسامبر ١٩٧٧ گزارش داد: “سیدمصطفی خمینی پسر امام روح الله خمینی مقام مذهبی مسلمانان شیعه ایران چهل روز پیش در نتیجه بدرفتاری‌های ساواک (پلیس مخفی ایران) جان خود را از دست داده است.”
شهادت آیت الله سیدمصطفی خمینی، خون دوباره‌ای در رگ‌های مرعوب و خوابزده کشور ایران جاری ساخت و مجالس متعددی در بزرگداشت این انقلابی دانشمند در نقاط مختلف کشور برگزار شد. نام امام خمینی از نو بر زبان‌ها جاری شد و واکنش‌های شتابزده و سرکوبگرانه نظام شاهنشاهی هر روز توفان انقلاب را نیرومندتر ساخت و در مدت کوتاهی بنیاد نظام وابسته، پوسیده، جنایتکار و فاسد پهلوی را به باد فنا داد.
درباره آیت الله شهید حاج سیدمصطفی خمینی، بسیار گفته‌اند و بسیار نوشته‌اند، ولی حق مطلب ادا نشده است و مانند بسیاری از شهدای دیگر نام او نیز در پرده‌ای از مظلومیت پنهان است. با این وجود:
آب دریا را اگر نتوان کشید هم به قدر تشنگی باید چشید
این است که به عنوان بزرگداشت ساگرد شهادت وی چند جمله‌ای را از هزاران جمله‌ای که در وصف او گفته‌اند در پی می‌آوریم:
امام خمینی: مصطفی امید آینده اسلام بود… مرگ مصطفی از الطاف خفیه الهی بود…
مرحوم حاج سیداحمد خمینی: برادرم همچون یکی از شهدای قبل از پیروزی انقلاب به دست عوامل شاه مسموم شد. از خصوصیات بارز این مرد خدا دشمنی پرو پا قرص با شاه و رژیم او و جهت دار بودنش در مبارزه و صراحتش در برخورد با مسایل اصولی و آشتی ناپذیری‌اش در برابر سازشکاران بود.
خانم دکتر فاطمه طباطبایی: وجود حاج آقا مصطفی برای امام بسیار مغتنم بود. ایشان سعی می‌کرد تازه‌ترین اخبار را به امام بدهد.
آیت الله بجنوردی: نیمه شب بیدار می‌شد و مسئله نماز شب و مقید بود تا هزار “قل هوالله” را بخواند… مقید بود هر روز زیارت عاشورا را بخواند… خیلی از شب‌ها مقید بود به نماز جعفر طیار… در بعد عبادات، در بعد اذکار و در مسائل عرفان و در مسائل انقطاع الی الله خیلی روی خودش کار کرده بود.
– خیلی برخوردش با افراد، خاکی بود. یعنی واقعا از تمام تعینات گذر کرده بود، روی خاک بنشیند، روی زمین بنشیند با افراد فقیر و مستمند، با یک طلبه خیلی مبتدی، یک ساعت بنشیند و بحث کند طوری برخورد می‌کرد که هیچ کس احساس غریبی با او نمی‌کرد.
– در عین حالی که اشتغال علمی به نحو بالایی داشت و عبادات را انجام می‌داد در تمام مسائل انقلاب هم کاملا حضور داشت.
آیت الله سیدعباس خاتم یزدی: حاج آقا مصطفی یک دانشمند به تمام معنا بود.
آیت‌الله محمدحسن قدیری: مرحوم حاج آقا مصطفی از ارکان مهم نهضت اسلامی هستند و نقش ایشان در اصل نهضت و ادامه آن بسیار موثر بوده است.
رژیم شاه با به شهادت رساندن آن عالم وارسته و جلیل‌القدر این نقشه‌ها را در سر داشت: ١ـ ضربه سهمگینی بر امام وارد کند و ایشان را از رهبری نهضت باز بدارد. ٢ـ از وجود خمینی دیگر برای آینده پیشگیری کند.٣ـ نهضت اسلامی ایران را به شکست بکشاند.
علیرغم این معادلات و محاسبات، شهادت حاج سید مصطفی خمینی، نهضت اسلامی ایران را به انقلاب بدل کرد، بیش از چهل روز از شهادت او نگذشته بود که خونش در قم به جریان افتاد و شهر خون و قیام را در ١٩ دیماه ۵۶ گلگون ساخت، در اربعین شهدای قم، خون پاک آن عالم شهید که با خون شهدای قم درهم آمیخته بود آذربایجان را فرا گرفت و شهر تبریز را خروشان ساخت و به دنبال آن اربعین‌های زنجیره‌ای پدید آمد و این خون پاک آیت الله شهید حاج سیدمصطفی خمینی و دیگر شهدای راه اسلام که جوشید و خروشید و همانند سیل بنیانکنی پیش تاخت و کاخ‌ها و کاخ نشینان را در کام خود فرو برد و انقلاب اسلامی را به ارمغان آورد.
در پی شهادت آن عالم ربانی امام در پشت کلام‌الله مجید نوشت:
بسمه تعالی
انالله و انا الیه راجعون
در روز یکشنبه نهم شهر ذی القعده الحرام ١٣٩٧ مصطفی خمینی نور بصرم و مهجه قلبم دار فانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد. اللهم ارحمه و اغفرله و اسکنه الجنه بحق اولیائک الطاهرین علیهم الصلوه والسلام.
دست اجانب کشت او را از جفا
| بارالها باز از غم سینه‌ام تنگ آمده | شیشهء صبرم ندانم از چه بر سنگ آمده |
| هر مسلمانی برون از خانه دلتنگ آمده | صورت گلگون او امروز بی رنگ آمده |
| از چه احوال من و این خلق دیگرگون شده | |
| گوئیا ما را رسیده ماتمی بس دردناک | شد غروب از آسمان علم، نجمی تابناک |
| جسم پاکی در زمین پاک پنهان زیر خاک | سید والا مقامی جسم پاک و روح پاک |
| مصطفائی در جوار مرتضی مدفون شده | |
| سید روشن ضمیری پاک طینت باصفا | نور جشم آیت الله خمینی مصطفی |
| مرجع تقلید ما را بود یاری باوفا | ظاهراً دست اجانب کشت او را از جفا |
| مرجع تقلید ما را از غمش دل خون شده | |
| پشت احمد قلب روح‌الله از این ماتم شکست | لشگر اسلام را گویی که یک پرچم شکست |
| اهل ایران را دل پردرد از این غم شکست | بلکه قلب هر مسلمان هست در عالم شکست |
| زین سبب دلهای ما از داغ او محزون شده | |
| آه و واویلا که رفت از این جهان روشن دلی | عالم روشن روان تیز هوش مقبلی |
| بود از باغ امامت شاخهء پرحاصلی | بود همراه پدر در راه حق هر منزلی |
| قائد ما را از این غم چشم‌ها گلگون شده | |
| آه کاز ظلم و جفای دشمن شوم پلشت | آن تبه‌کاران بدخوی پلید چهره زشت |
| رفت از دار فنا آن سید نیکو سرشت | نزد اجداد کرامش شد خرامان در بهشت |
| روح پاکش در جوار خالق بیچون شده | |
| آه و واویلا کازین غم چشم‌ها گریان شده | زین مصیبت انقلابی سخت در ایران شده |
| خاصه اهل قم از این ماتم همه نالان شده | زین مصیبت نوحه‌گر حیرانی حیران شده |
| بی قرار و بی خود و دلخسته و محزون شده | |
| در مه ذیقعده آن مرحوم رضوان جایگاه | رست ز رنج و تعب شد راهی آرامگاه |
| سال تاریخ وفاتش با حساب دور ماه | ح بیفزا نیز بر این جمله غفران پناه |
| با حساب ابجدی تاریخ او موزون شده | |
