سید مصطفى خمینى نخستین فرزند امام خمینی(ره) در۳۰ آذر ۱۳۰۹شمسى (۲۱ رجب ۱۳۴۹قمرى) در شهر قم دیده به جهان گشود. پدر او (امام‌خمینی«ره») و مادرش (خانم خدیجه ثقفى) معروف به «قدس ایران»، نام وى را محمد، لقبش را مصطفى و کنیه‌اش را ابوالحسن گذاشتند.
سید مصطفى دیرتر از معمول زبان باز کرد به طورى که در ۴سالگى تنها چندکلمه مى‌توانست بگوید، وى را در ۶ سالگى به مکتب فرستادند که در حرف زدنش بسیار مؤثر بود. در ۷سالگى به مدرسه رفت و دوره ابتدایى را در مدرسه‌هاى «باقریه» و «سنایی» قم به پایان رساند. در سال۱۳۲۴ش. (۱۵سالگی) به تشویق پدر به تحصیل علوم اسلامى پرداخت و در سال ۱۳۲۶ش. (۱۷سالگی) پس از پایان دوره مقدماتى به مدت ۵/۲ سال به مرحله سطح وارد و معمم شد. سید مصطفى در سال ۱۳۳۰ش. (حدود ۲۲سالگی) سطح را به پایان رساند و از آن پس در درس خارج آیت‌الله‌العظمى بروجردى و امام خمینى (ره) شرکت کرد.
سید مصطفى در ۱۷/۱/۱۳۳۳ (۲۴سالگی) با خانم معصومه حائرى (دخت آیت‌الله شیخ مرتضى حائری) ازدواج کرد. نخستین فرزند آنها محبوبه بود که بر اثر بیمارى مننژیت درگذشت، دومین فرزندشان حسین و سومین فرزند آنها مریم بود، چهارمین فرزند در جریان حمله کماندوهاى رژیم پهلوى به منزل آن شهید در ۱۳/۱۰/۱۳۴۳، پیش از آنکه به دنیا بیاید به علت بیم و هراسى که به خانم حائرى دست داد، از دست رفت؛ خانم حائرى در پى این حادثه ناگوار دچار کسالت ممتد شد و دیگر نتوانست بچه‌دار شود.
سید مصطفى در سن ۲۷سالگى به درجه‌ى اجتهاد نایل شد و این در حالى بود که از نظر اطرافیان و حتى امام (ره) ـ که در این زمینه بسیار سختگیر بودند ـ او از ۲۵سالگى به مرحله اجتهاد رسیده بود. وى تقریباً در همین سن و سال، به تدریس علوم نقلى و عقلى پرداخت و دست به تألیفات متعددى زد، بنابر اظهارات او در یکى از بازجویى‌هاى ساواک در سال ۱۳۴۳ش. زمانى که تنها ۳۳سال داشت، ۱۲جلد کتاب به رشته نگارش کشید. همچنین در تبعیدگاه ترکیه، در حالى که کتب و مأخذ لازم در دسترس نبود ۲جلد کتاب تألیف کرد و در نجف نیز علاوه بر تدریس، کتب بسیارى در باب فقه، اصول، فلسفه و تفسیر تدوین کرد که همه نشان از استعداد و هوش سرشار و حافظه‌ى بالاى او داشت. او در میان فضلاء و علماى متعدد نجف، جایگاه ویژه‌اى داشت؛ درس اصول فقه او جلوه‌ى خاصى داشت و نظرات علمى او براى بسیارى تازه و قابل استفاده بود، همچنین وى داراى مبانى استوار و محکمى بود و در حوزه درس امام(ره) در بسیارى از موارد در برابر نظریه‌هاى علمى امام(ره) می‌ایستاد و بحث می‌کرد.
نکته قابل تأمل در ارتباط با شخصیت اجتماعى آن شهید، ساده زیستى او بود. با وجود اینکه فرزند یکى از مراجع طراز اول بود، در تمام مراحل زندگى ساده زیست و سطح زندگى او از حد زندگى یک طلبه‌ى ساده فراتر نرفت و این مسأله در وصیت نامه‌‌اش کاملاً مشهود است (آنجا که تنها به کتابهاى خود اشاره کرده و یادآور می‌شود «چیز دیگرى ندارم مگر بعضى مختصرات، آن هم دیگر احتیاج به گفتار ندارد… .» ) سید مصطفى در هیچ یک از مراحل زندگى از موقعیت آقازادگى خود بهره‌بردارى نکرد و شخصیتى کاملاً مستقل داشت چرا که وى عقیده داشت کسب شهرت با عنوان «آقازاده» و «آیت‌الله زاده» دون شأن یک مسلمان و آزاده است. همچنین، از دیگر ویژگی‌هاى اخلاقى آن شهید که تمام کسانى که مدتى با او بودند به آن اشاره می‌کنند، حسن خلق وى بود. صراحت، شهامت، زهد، خودساختگی، استقلال رأى و… را می‌توان از دیگر ویژگی‌هاى برجسته آن شهید برشمرد.
سابقه مبارزاتى سید مصطفى از آشنایى با جمعیت فدائیان اسلام آغاز می‌شود، اما از سال ۱۳۴۱ش. به طور جدى و همه‌جانبه وارد نهضت شد و در تمام لحظات زندگى در کنار رهبر نهضت به مبارزه پرداخت. ساواک نیز از او بسیار می‌ترسید و بنابر گزارشاتى که در پرونده او آمده است، ساواک بارها روى این موضوع تأکید کرده بود که حاج سیدمصطفى خمینی(ره) در مبارزات پدرش نقش مهمى دارد.
در ۱۵خرداد ۱۳۴۲ پس از دستگیرى امام(ره) در امر هدایت و رهبرى در قم نقش مؤثرى داشت. با سخنرانى در صحن مطهر حضرت معصومه(س) مایه شکل‌گیرى قیام ۱۵خرداد در شهر قم شد. با تلاش‌هاى او، پیگیرى علما و فشار افکار عمومی، رژیم ناچار شد حبس امام(ره) را به حصر در منطقه‌ى داوودیه تبدیل کند و ۳ روز بعد امام(ره) را به قیطریه انتقال دهد، از آن پس سید مصطفى رابط امام با امت بود و مسئولیت ابلاغ اخبار و گزارشات بیرون به رهبر را بر عهده داشت. تلاش‌هاى وى در این راستا به آنجا رسید که رئیس وقت شهربانى کشور (سپهبد نصیری)، او را جلب کرد و هشدار داد که اگر از فعالیتهاى سیاسى دست نکشد تحت پیگرد قرار خواهد گرفت.
پس از آزادى امام(ره) در ۱۵/۱/۱۳۴۳ و بازگشت ایشان به قم، سید مصطفى باز هم به عنوان یارى وفادار همواره همراه و مشاور ایشان بود.
در پى سخنرانى امام(ره) علیه احیاى رژیم کاپیتولاسیون در تاریخ ۴/۸/۱۳۴۳ و تبعید ایشان به ترکیه، در نیمه شب ۱۳/۸/۱۳۴۳ سید مصطفى به پا خاست و با سیل خروشان مردم خشمناک قم به طرف بیوت آیات عظام به راه افتاد. رژیم که تجربه‌ى فعالیتهاى حاج سید مصطفى را در جریان ۱۵خرداد به یاد داشت، در ساعت ۱۵/۹ صبح همان روز زمانى که سید مصطفى در بیت آیت‌الله نجفى به سر می‌برد به آنجا حمله کرد و او را دستگیر و زندانى کرد. سید مصطفى به مدت ۵۷ روز در زندان قزل قلعه و اغلب در سلول انفرادى به سر برد و از تاریخ ۱۹/۸/۴۳ تا ۲۸/۸/۴۳ به مدت ۹ روز تحت بازجویى قرار گرفت. حاج سید مصطفى در دوران بازداشت براى جلوگیرى از خلاء ناشى از نبود رهبر و بلاتکلیفى مقلدین امام(ره)، طى نامه‌اى که به صورت پنهانى به خارج از بازداشتگاه ارسال نمود، حجت‌الاسلام شیخ شهاب‌الدین اشراقى را وکیل و نماینده‌ى خود معرفى کرد، همچنین در این مدت به علت نگرانى از سلامت امام(ره) در تبعید، تنها درخواستى که مطرح کرد رفتن نزد امام(ره) بود. از آنجا که ساواک نیز دیر زمانى بود اندیشه دور کردن او از کانون نهضت را در سر داشت، با آزادى وى به شرط رفتن به ترکیه، موافقت کرد. سید مصطفى پس از بازگشت به قم و مشورت با مراجع و علماى قم از جمله آیت‌الله‌العظمى مرعشى نجفى و آیت‌الله‌العظمى گلپایگانی، از مسافرت به ترکیه منصرف شد. هنگامى که ساواک از این تصمیم آگاه شد، در ۱۳/۱۰/۱۳۴۲ که تنها ۵ روز از آزادى او می‌گذشت با حمله به منزل امام(ره)، وى را دستگیر و روز بعد (۱۴/۱۰/۱۳۴۳) به ترکیه تبعید کرد.
در تبعیدگاه ترکیه شرایط حاکم در این کشور و دور ماندن از ملت موجب شد از فعالیتهاى مبارزاتى و سیاسى سید مصطفى کاسته و بر فعالیتهاى علمى او افزوده شود و او بتواند در کنار امام(ره) به تحصیل و تکمیل علوم اسلامى بپردازد. در آن زمان با توجه به شرایط بین‌المللی، دولت ترکیه از اینکه کشورش به تبعیدگاه مبارزان مسلمان تبدیل شده بود ابراز نگرانى می‌کرد، به همین جهت رژیم ایران را تحت فشار قرار داد تا امام خمینی(ره) و حاج آقا مصطفى را به مکان دیگرى تبعید کند. رژیم نیز با بررسى همه جانبه، عراق را بهترین مکان براى تبعید آن دوبزرگوار دانست و در نتیجه در ۱۳/۷/۱۳۴۴، امام خمینی(ره) و سید مصطفى را به عراق فرستاد.
انتقال امام(ره) و حاج آقا مصطفى به عراق با سرعت و بدون اطلاع قبلى به زعماى نجف صورت گرفت. سید مصطفى در کاظمین خبر ورود امام(ره) را به اطلاع آیت‌الله‌العظمى خویى رساند، این خبر در مدت کوتاهى در نجف منتشر شد. امام(ره) پس از سه روز اقامت در کاظمین، در روز ۱۶/۷/۱۳۴۴ به همراه استقبال‌کنندگان به سامرا رفتند و پس از اقامت یک روزه در این شهر، راهى کربلا شدند. ایشان یک هفته در کربلا اقامت گزیدند و در روز ۲۳/۷/۱۳۴۳ وارد نجف‌اشرف شدند. با ورود امام(ره) به نجف، فصل جدیدى از زندگى سید مصطفى ورق خورد که مسئولیتهاى جدیدى به همراه داشت.
سید مصطفى در طول ۱۲ سال اقامت در عراق، حلقه‌ى اتصال اجزاى نهضت اسلامى در ایران و نقاط مختلف جهان، با کانون آن در نجف و همچنین مسئول ایجاد و برقرارى رابطه با مبارزین در سطوح مختلف بود، که محوریت و مرکزیت این ارتباط‌ها با مبارزین مسلمان بود و شهید بیشتر در امور اجرایى و ارتباط و نظارت بر آنها همت می‌گماشت.
شهید سیدمصطفى خمینى از طرق مختلف مانند توزیع رساله عملیه، اعلامیه‌ها، پیامها، نامه‌ها و نشر سخنان امام خمینی(ره) در ایران و سایر کشورها، از راه شبکه مبارزین، به نشر افکار انقلابى و اندیشه‌هاى امام خمینی(ره) می‌پرداخت. همچنین با سفرهایى به کشورهاى عربستان، سوریه و لبنان که غالباً به بهانه زیارت صورت می‌گرفت، با مبارزین مسلمان و طرفداران ایرانى و غیر ایرانى امام(ره) ارتباط برقرار می‌کرد و به آنها رهنمودهاى لازم را می‌داد و کسانى را که آمادگى داشتند به مراکز آموزش نظامى معرفى می‌کرد.
یکى از بهترین و مهمترین راه‌هاى ارتباطى سید مصطفى با سایر مبارزین ایرانی، در موسم حج بود. او در سالهاى ۱۳۴۲، ۱۳۴۵، ۱۳۵۳و۱۳۵۶ علاوه بر زیارت خانه‌ى خدا براى پیشبرد نهضت اسلامی، علیرغم کنترلها و مراقبتهاى کامل مأموران ساواک، توانست با مبارزین ایرانى و غیر ایرانى و مقلدین امام خمینی(ره) دیدار، گفتگو و تبادل نظر کند و اعلامیه‌ها، نامه‌ها و سایر اسناد و مدارک و دستورهاى امام(ره) را از طریق آنان به سایر کشورها ارسال نماید.
سید مصطفى در این راه از یارى افراد مسلمان، متعهد و همسو با اهداف اساسى نهضت نیز بهره می‌گرفت و با مبارزین سیاسی- مذهبى ایران ارتباط داشت و به آنها مأموریتهاى سیاسى و اجتماعى در راستاى نهضت اسلامى محول می‌کرد. نکته قابل توجه در شیوه‌ى مبارزاتى سید مصطفی، نفوذ ناپذیری، هوشیارى و عدم مماشات با کژاندیشان بود. اگر کسى از مبارزین را می‌دید که از خط امام، انقلاب و موازین اسلامى منحرف شده و مغرضانه فکر می‌کند، با او کاملاً قطع رابطه می‌کرد و در مقابل اگر متوجه می‌شد که کسى فریب خورده، تلاش می‌کرد که او را اصلاح کرده و به راه آورد.
در مدت حضور امام(ره) و سید مصطفى در نجف، رویه عراق در قبال آنها متأثر از ارتباط دیپلماسى با ایران بود چرا که رژیم عراق در صدد بود از حضور آن دو بزرگوار در آن کشور سوء استفاده کند (زمانى علیه ایران و به نفع خودشان زمانى هم به نفع هر دو کشور)، اما در تمام این دورانها امام(ره) و حاج آقا مصطفى با اتخاذ اهداف مشخص و موضع‌گیری‌هاى روشن، جلوى هرگونه سوء استفاده را گرفتند. سید مصطفى در پى دیدار با آیت‌الله‌العظمى حکیم که در آن زمان به دلیل فعالیتهایى علیه رژیم عراق، ممنوع الملاقات شده بودند، در ۲۱/۳/۱۳۴۸ دستگیر و نزد حسن البکر رئیس جمهور وقت عراق جلب شد. وى به سید مصطفى هشدار داد در صورت ادامه فعالیت بر ضد حکام بغداد با واکنش شدید روبرو خواهد شد.
و سرانجام آیت‌الله سید مصطفى خمینی، پس از ۴۷ سال زندگى پر از تلاش و مبارزه، در سحرگاه یکشنبه ۱/۸/۱۳۵۶ (نهم ذی‌القعده ۱۳۹۷ق.) در نجف، به طور ناگهانى و مرموز در خانه‌ى خود درگذشت. علت مرگ مشخص نشد اما از مجموع گفته‌هاى بستگان درجه اول، نزدیکان و دوستان چنین برمی‌آید که مرگ سید مصطفى طبیعى و عادى نبود، بلکه در اثر نوعى مسمومیت (به احتمال قوى به‌وسیله مأموران ساواک و یا مأموران امنیتى دولت عراق و یا تبانى آن دو دولت) به شهادت رسید. آثار مسمومیت در بدن شهید از همان ابتدا کاملا مشهود بود، پزشکان قصد کالبد شکافى جسد او را براى روشن شدن علت مرگ داشتند که به دلیل مخالفت امام خمینى (ره) این اقدام صورت نگرفت.
پیکر آیت‌الله سیدمصطفى خمینى از شهر نجف به کربلا برده شد، جنازه او را با آب فرات غسل دادند و در محل خیمه‌گاه امام حسین(ع) کفن کردند و پس از طواف در حرم مطهر حضرت سیدالشهدا(ع) و حضرت عباس(ع) به نجف بازگرداندند. پیکر آن شهید یک روز بعد (دوشنبه دوم آبان) حدود ساعت ۹ از مسجد بهبهانی-واقع در بیرون دروازه نجف- با شرکت انبوهى از علماء، فضلا، طلاب، کسبه، اصناف و دیگر اهالى نجف به طرف صحن علوى تشییع شد. آیت‌الهف‌العظمى خویى در صحن مطهر حضرت امیرالمؤمنین امام علی(ع)، بر او نماز خواندند و سپس پیکر شهید را در ایوان حرم مطهر، مجاور مقبره علامه حلی(ره) به خاک سپردند.
اساتید
اساتید او عبارتند از:
• امام خمینی(ره) وآیت‌الله بروجردی(ره) در حوزه درس خارج
• علامه سید محمد حسین طباطبائی، در حوزه درس اسفار و تکمیل دانش فلسفه
• آیت‌الله محمد داماد
• آیت‌الله شیخ مرتضى حائری، در حوزه درس فقه و اصول (دورهى سطح)
• آیت‌الله محمد باقر سلطانی، در حوزه درس فقه و اصول (دورهى سطح)
• آیت‌الله شهید محمد صدوقی، در حوزه درس فقه و اصول (دورهى سطح)
• آیت‌الله حاج شیخ محمد جواد قزوینی
• آیت‌الله سید ابوالحسن رفیعى قزوینی، در حوزه درس اسفار و تکمیل دانش فلسفی
• آیت‌الله محمد جواد اصفهانی، در حوزه درس فقه و اصول(دورهى سطح)
• آیت‌الله سید محمد رضا صدر، در حوزه درس آغاز فلسفه و منظومه حکمت سبزواری
• حاج شیخ جعفر سبحانی، در حوزه درس ادبیات و لمعه
تألیفات
درقم:
• الاجاره (در مبحث اجاره در دو دفتر)
• القواعد الحکمیه (در رابطه با قواعد کلى فلسفه)
• القواعد الفقهیه (بحث پیرامون تعدادى از قواعد فقهی)
• حاشیه بر اسفار اربعه
• حاشیه بر «المبدا و المعاد نوشته صدرالمتألهین»
• رساله‌اى در بحث قضاى صلوات
• رساله اى در بث «الخلل فى الصلاه»
• الفوائد الرجالیه
در ترکیه:
• الواجبات فى الصلاه
• الفوائد و العوائد (یادداشت‌هاى پراکنده درباره مسائل مختلف اصول، فقه، کلام و عرفان)
در نجف:
• تحریرات فى الاصول در مباحث علم اصول از ابتدا تا بحث استصحاب
• الصوم
• الطهاره
• البیع (این کتاب در چند جلد تنظیم شده و حاوى مطالبى در بحث‌هاى معاملات می‌باشد)
• الخیارات
• المکاسب المحرمه
• الخلل فى الصلاه
• الحاشیه على العروه الوثقی
• تحریر العروه الوثقی
• الحاشیه على تحریر الوسیله
• تفسیر القرآن الکریم (از ابتداى قرآن تا آیه ۱۴۶)
• دروس اعلام و نقدها ، نقل درس بزرگان نجف و نقد آن
