شهید سید مصطفی خمینی، پس از تبعید امام به عنوان نماینده #تام‌الاختیار مسئول گرفتن وجوهات شرعی و مصرف آن در حوزه‌های علمی و کمک‌رسانی به نیازمندان و مستمندان بود.
آنگاه که زندانی شد دریافت که ملت مسلمان ایران برای پرداخت وجوهات دچار سردرگمی شده و نمی‌دانند برای پرداخت بدهکاری شرعی خود به چه کسی مراجعه کنند، لذا با دادن وکالت‌نامه‌ای این مسئولیت را به آقای اشراقی واگذار کرد و به عموی خود سید نورالدین هندی پیشنهاد داد که آقای #پسندیده نیز چند روزی از خمین به قم آمده و شهریه طلاب را از جانب امام بپردازد.
از سوی دیگر ساواک با دستوری در پی منع برگزاری مراسم روضه و سوگواری در بیت امام بود:… چون آیت‌الله خمینی در قم نیست، لزومی ندارد در منزل وی روضه‌خوانی شود…
از دیگر فعالیت‌های آیت‌الله پسندیده در دوران تبعید حضرت امام، روشن نگاه داشتن چراغ بیت امام در قم و زنده نگه داشتن نام و نشان امام بود، رژیم شاه در پی جلوگیری از برگزاری مراسم روضه و سوگواری در بیت امام برآن شد که آقای پسندیده را نیز از قم دور کند.
بهمین منظور ساواک دستور اخراج حاج سید مرتضی #پسندیده از قم را صادر نمود:
… به فرموده پسندیده حق سکونت در قم را ندارد، دستور فرمایید فورا به وی ابلاغ شود قم را ترک و به محل اقامت خود یا تهران عزیمت نماید.
