ساعت ۹ صبح روز سه شنبه ۲۷ آذر ۱۳۵۸ در دانشکده الهیات و معارف اسلامی جنایت هولناکی صورت گرفت. آیت الله مفتح توسط گروه فرقان ترور شد. علاوه بر وی دو محافظ او بنام جواد بهمنی و اصغر نعمتی هم در این سوء قصد به شهادت رسیدند.
حجت‌الاسلام سیدهادی خسروشاهی درباره ارتباطات پیچیده گروهک فرقان با سفارت آمریکا در تهران می‌گوید: «من در تحلیل‌ها و بررسی‌های سیاسی-تاریخی خود به این جمع‌بندی رسیده‌ام که بی‌تردید رهبری این فرقه علاوه بر عناصر و سازمان‌های ضدانقلاب داخلی، با عناصر سیا و جاسوسان بیگانه هم ارتباط داشته و از آنها برای اجرای توطئه‌های خائنانه خط می‌گرفته و حتی به آنها وعده “ترور هفتگی” می‌دهد.(تاملاتی در اندیشه و عمل فرقه فرقان در گفت و گوی مجله یادآور با استاد خسروشاهی،ش ۶و۷و۸ص ۵۶-۵۵)
اشاره خسروشاهی به سند ذیل است که از سفارت امریکا در تهران به وزارت خارجه این کشور مخابره شده است.
«محرمانه»
از سفارت آمریکا در تهران به وزارت امور خارجه و فوری یکی از دوستان قدیمی دفتر سیاسی، که یک #طلبه_قدیمی است و سال گذشته، مسئول مرکز بحث‌های ایدئولوژیک برای شاگردانش بود، یک دید خلاصه‌ای از فرقان داد. ۱۱ نفر از شاگردان قدیمی این شخص عضو گروه فرقان در تهران هستند. تعداد اعضای گروه فرقان ۴۰ الی ۵۰ نفر می‌باشند. آنها ترکیبی از چپ‌گراها و راستگراها هستند، اگرچه بیشتر آنها نامتعادل هستند. به جز بعضی از افراطیون، اغلب آنها اصول اسلامی را قبول دارند و احساس می‌کنند که ترور راهی است که آنها از دست روحانیونی که با نظرات آنها هماهنگی ندارند خلاص می‌شوند. یکی از اعضای فرقان افتخار می‌کرد که آنها در نظر دارند خرابکاری را با ترور هفته‌ای یک روحانی شروع کنند و تا رسیدن به موفقیت ادامه دهند. اشکال در این است که در اینکه موفقیت چقدر می‌تواند باشد به توافق نرسیدند. منبع بیان داشت اعضای گروه فرقان که با آنها در تماس است، توجهشان را به اهداف داخلی معطوف کرده‌اند»(روزنامه جمهوری اسلامی ۱۳۵۸/۱۲/۲، ش۲۱۶)
خسروشاهی همچنین درباره رابط سفارت امریکا با گروهک فرقان می‌گوید: «در اینجا باید اشاره کنم که رابط سفارت با فرقان شخصی بنام “ویکتور تامست” بوده که به هنگام اشغال سفارت و گروگانگیری به وزارت خارجه ایران پناهنده شد و به‌رغم درخواست رسمی و کتبی دادستانی انقلاب اسلامی از وزارت خارجه برای بازجویی از وی در رابطه با ماجرای فرقان، سرپرست وقت وزارت خارجه ایران، یعنی آقای #صادق_قطب_زاده از تحویل او به دادستانی خودداری نمود و او که به عضو اصلی و فعال شبکه جاسوسی سیا در ایران و حلقه وصل سیا با فرقان بود، به کمک سفارت کانادا در ایران، به سلامتی به واشنگتن برگشت. این اسناد، هرگونه شک و تردیدی را در مورد رابطه رهبری فرقه فرقان با سفارت آمریکا و سیا، منتفی می‌سازد.»( مصاحبه با خسروشاهی، همان)
از سوی دیگر، چنانکه از شواهد پیداست آمریکا از لحاظ مالی نیز فرقان را حمایت می‌کرد. اگرچه این گروهک تروریستی به منظور تامین بخشی از مایحتاج مالی خود به بانک‌ها و بعضا خانه‌های مردم دستبرد می‌زد اما این موضوع نمی‌توانست منبع مطمئنی برای آنان باشد. با توجه به امکاناتی که فرقانی‌ها در اختیار داشتند به نظر می‌رسد این گروه به یک منبع بی‌پایان مالی متصل بوده‌اند.
