پس از اشغال لانه جاسوسی طبیعی بود که مهدی بازرگان تاب نیاورد و استعفا دهد. سابقه وی و فکر و عملکرد او غرب‌اندیشی‌ش را تأیید می‌کرد اما عجیب آن‌که همه را به کیش خویش می‌پنداشت و زمین و زمان را غربی می‌دید. او مدت کوتاهی پس از تسخیر لانه جاسوسی این‌گونه سخن گفت:
«… زندگی که ما امروز داریم همه‌اش فرنگی است. طرز فکرما، درس خواندن ما، مبارزه ما، انقلاب ما، ضدیت با استثمار و استعمار ما، تمام ارمغان غرب است.»روزنامه انقلاب اسلامی، شماره، ۱۲۶، ۱۳۵۸.۹.۳ ص۱۰.
مهدی بازرگان به حدی غرق در غرب بود که حتی از تصور این‌که انقلاب و مبارزه‌ای بر اساس قوانین اسلامی شکل بگیرد ناتوان بود و طبیعی بود که با این نگاه به روحانیتِ اصیل اسلامی دهن‌کجی کند. او روحانیون را فاقد تربیت مدیریتی (!) دانست و با بی‌ادبی هرچه تمام آن‌ها را، که زیر سخت‌ترین شکنجه‌های رژیم پهلوی مقاومت کردند، «نازک‌نارنجی‌ترین صنف مملکت» خطاب کرد. او حضور روحانیت در صحنه اجرایی کشور را مخل نظم عنوان کرد:
« روحانیت ما تربیت جدید که امروز اسمش را مدیریت گذاشته‌اند ندارد…» (همان)
مهدی بازرگان در مدت کوتاه مدیریت خود کارآمدی حداکثری نداشت و در صورت عدم هوشیاری روحانیت اصیل امکان تجزیه کشور در زمان ریاست وی وجود داشت و در آخر نیز در پی قطع دست ایالات متحده آمریکا از منابع ملی ایران، استعفا داد. معلوم نیست او، با این همه ادعا و کارنامه ضعیف، چطور دیگران را به ضعف مدیریتی متهم می‌کند.
